五行学说是《内经》辨证思维的核心思想
五行首先出于《尚书》洪范：“五行一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。”并说五行的性况和属性是：“水曰润下，火曰炎上，木曰曲直，金曰从革，土爰稼穑。”这已从五行的属行，抽象概念化，言其功能作用，说明具有曲伸功能的属于木，具有向上炎热特性的功能属于火，能种植和收获万物属于土，金可以溶化变形，水向下湿润。
五行归类
即将宇宙万事万物，按其五行属性归类，使千头万绪的事物成有序的相关学，是说明万事万物之间关系的五大元素，因此以便于理解说明事物之间的关系。
朴素的辩证法思想，其归类的方法，即从事物的形态、性质、作用、运动方式上具有同一性、相似性而用取象比类法，这既包括有现象相同或本质相似的不同事物归于一大类；另外，也可以用推演变化方法，如早晨太阳东升，阳光初晓，如木之初生，枝叶柔嫩易伸曲，其开花结果为青色，其果味酸，于身体则象征肝气初生，其性质柔润，性喜条达，肝又相合于筋之柔和伸展，曲伸又象征胆汁疏泄，易消化，又象征两目之精明，视物之清晰等。《素问・阴阳应象大论》中有五行归类，如 “东方生风，风胜木，木生酸，酸生肝，肝生筋，筋生心，肝主目，其在天为玄，在人为道，在地为化，化生五味，道生智，玄生神，神在天为风，在地为木，在体为筋，在藏为肝，在色为苍，在音为角，在声为呼，在变动为握，在窍为目，在味为酸，在志为怒。”这就包括自然界的五音、五味、五色、五化、五气、五方、五季，在人体包括五脏、五腑、五官、形体（五体）、情志、五声、变动（病态），其他四行可类推，这就将万物贯穿起来，以五行的生态规律类推演变其的变化，就形成天人一体的统一观。人体以五脏为中心，内系五腑（六腑）、五体、五官、五声、七情等的五个功能活动体系，可以从五脏功能看外在表现，也可以从外在五个功能表现推测五脏的功能如何，来展示人体生命活动的整体观。
五行运作规律
1.相生相克关系：相生是说五行之间在正常生理功能上是相互资生，相互促进，相互助长的生理关系。五行的相生次序：木生火，火生土，土生金，金生水，水生木。相克即指某一事务对另一事物生长、发育或其功能具有抑制和约束制约作用，这也是正常功能，即防范其太过。五行相克次序是：木能克土，土能克水，水能克火，火能克金，金能克木。其所发生互相制约作用，最初可能原于木火土金水的原发物质的关系，如《白虎正义》中说：“木生火者，木性温暖，火伏其中，钻灼而出故木生火”，这就是自然的五行相生关系，但应用于临床提高其认识水平，即将五行概念上升为抽象化理论，因此不能以自然物质直接变化，而以促进物质的互相运动变化的功能作用即所谓五行之间“以气不以质”，若以质则不能变化，如木生火，即以相互而生，木属东方肝木，肝木生气生机旺盛，在人体相为主肝，以肝气情志调顺则易生心火，心为阳性主火，其功能为主神与调节情志之主，故疏肝气可调心火（情况过急），心火主阳气旺，可以温暖脾土，助其消化，脾土主生化主气血，脾土之气旺可以生津液以养肺金，肺津润泽，肺金主肃杀收敛，主阳气内潜而养肾阳，肾气伏藏，肾阴积盈以可滋养肝木，此即五行以气化而相互滋养，故见滋生之意，就提高了五行之间相生互克的高层次的变化关系。
五行的相制约关系也是以“气”功能制约，不能以原生物质的变化。如木克土是指肝木疏泄脾土，脾土则勿郁抑，勿壅滞，火克金即心火旺盛可制约肺之过寒，过于肃杀之气，土克水即脾土疏泄以利水而水道畅通，水能克火即肾阴防止心火过亢，金克木是肺金肃杀之气，防止肝气升发太过。《素问・宝命全形论》中说“木得金而伐，火得水而灭，土得木而达，金得火而缺，水得土而绝，万物尽然，不可胜竭。”再以寒暑变化而言，《素问・脉要精微论》：“彼春之暖为夏之暑，彼秋之忿为冬之怒。”即春暖为夏暑之渐，夏暑为春暖之盛，故春暖资生夏火；秋忿为冬怒之渐，冬怒为秋忿之盛，故秋气之忿，资生冬水之怒，这是气候变化存在内的变化条件或因素。这都提升了五行生克的理论意义，反应五行的气化功能，自我克制化关系，将复杂的外界事物变成简单易以理解的相互关系，可阐述事物间关系。
相生相克是事物发展不可分割的两个方面，没有生也就没有事物的发生和发展；没有克就不能维持正常协调下的变化和发展，因此，必须是生中有克，克中有生，才是事物发展的正常现象。张介宾说：“造化之机，不可无生亦不可无制，无生则发育无由，无制则亢而为害。”事物的运动状态是生生不息的，而且从五行关系是相反相成，如一方失常，会导致生克关系的动态失衡，影响事物的正常发展，《素问・六微旨大论》：“亢则害，承乃制，制则生化，外列盛衰，害则败乱，生化大病。”反应事物发展动态平衡，由平衡可导致不平衡，在不平衡中再求动态平衡，而平衡又被新的不平衡所取代，这种从平衡→不平衡→平衡，正说明事物发展的各方面的因素互相作用，而推进事物的发展，反应事物发展的基本规律，无论应用于医学和社会关系都是如此。
2.相乘相侮关系：相乘相侮是五行之间的太过不及引起的属于反常现象，在临床也是病理状态。
相乘就是乘虚而袭，持强凌弱，指五行中某一行对其所胜的一行过度克制，其相乘次序即木乘土，土乘火，火乘金，金乘木，与五行相克的次序一样，只是乘袭太过而致被克者出现病态，失去动态平衡。相侮就是持强凌弱，本来就是相克关系，由于一方过强出现反克现象，也是一种病理状态。《素问・五运行大论》中说：“气有余，则制己所胜而侮所不胜；其不及，则己所不胜侮而乘之，己所胜轻而侮之。”如以木气太过则克制己所胜者一为土，即木克土太过，木气犯脾，脾土受制，又反过来侮其所不胜（木不胜金）克又出现木火刑金的现象，即反侮；若木气不足出现己所胜（木克土）轻而侮，木虚反侮，即肝虚而脾土反侮，如临床上脾胃壅滞而犯肝，造成脂肪肝，或饮食不节而造成肝硬化等。
五行在中医学中的应用
五行学说作为哲学概念，它包括范围很广，渗透到中医学的各方面中去，首先反映内外环境的统一，在自然界有五方、五时、五季、五色、五味、五气和人体的五脏、六腑、五体、五官，如肾应北方，气候严冬为封藏，五脏应于肾脏为藏精之本，骨髓、头发相联系。
1．说明脏腑之间的生理病理关系：五行的属性可说明五脏的特征，如肝属木，木性条柔畅达可曲可伸，以说明肝气和平使人心情开朗，性格调柔能屈能伸，易于近人，征象胆气之疏泄助消化，肝在五体主筋，肝气使筋脉调柔，机关骨节易于伸曲调顺，它可以生心血，疏肝健肝（木制木），又将全身各脏腑、五体、七情气血的关系统一起来，形成统一体，便于临床解释生理、病理。
2．五行的克制乘侮说明病理关系：五行关系破裂克制太过或不及而说明病理关系如肾消（糖尿病）出现口渴、口干、心烦为心火亢盛反乘肾水，造成肾水不足口腔干燥等症，治疗应清心火滋肾水；再如木克土，木为正常制约，但制约太过则造成肝贼犯土，由肝木旺而克制脾土，出现饮食不化反胃，胆汁胃液反流，两胁胀满，脾土壅滞等症状，如按其五脏生克规律传变时相乘传变较重，而相侮传变病情较轻，如《难经经释》所说：“所不胜克我者也，脏气本已相制，而邪气挟其力而来，残削必甚，故可贼物。”“所胜，我所克也，脏气既受制于我，则邪气亦不能激，故为微邪。”
五脏的传变也常依生克乘侮次序相传，如《素问・玉机真脏论》中说：“今风寒客于人，使人毫毛毕直，皮肤闭而为热，当是之时，可汗而发也，或痹不仁肿痛，当是之时，可汤熨及火灸刺而去之，弗治病入舍肺，名曰肺痹，发咳上气，弗治病即传而行之肝，病名曰肝痹，一名厥，胁痛出食……”，“弗治肝传之脾，病名曰脾风，发瘅，腹中热烦心出黄，……弗治脾传之肾，病名曰疝瘕，少腹冤热而痛，出白一名曰蛊，……弗治肾传之心病，筋脉相引而急，病名曰瘛，……弗治满十日，法当死。”此病本来较轻微，属于外感病，因为失治误治，其传变日益严重，由外感变肺痹咳嗽而不治疗，病邪传入于肝出现肝痹，胁痛吐食，再不治则出现脾风病，发热出黄病，再不治出现疝瘕、蛊胀之病，最后传到肾出现气痉挛，再过10天即死亡，从其传变次递来看是肝病由外感而最后到蛊胀，出现腹水肝硬化，最后到全身肌肉痉挛而死亡。说明对于某些疾病的传变很符合疾病发展规律的，故治疗方法应该“见肝之病当先实脾”，脾旺不受邪而阻断其传变过程，这种治疗方法有非常现实意义。因此，五行学说对于指导诊断和治疗很有意义，如《素问・脉要精微大论》中说：“微妙在脉，不可不察，察之有纪，从阴阳始，始之有经，从五行生，生之有度，四时为宜。”说明脉诊望诊均可以用五行观气解释病疾，从望诊可以推断病情，如《灵枢・五阅五使》篇中说了 “肺病者，喘息鼻张；肝病者眦青；脾病者唇黄；心病者舌卷短，颜赤；肾病者，颧与颜黑。”即从望诊所得而推断五脏之病。在治疗上可以根据五脏的虚实应用五行生克规律制定治疗方法，如《难经》曰“虚则实其母，实则泻其子。”《素问・玉机真脏论》：“五脏相通，移皆有次，五脏有病，则各传其所胜。”说明对于疾病传变方式多以五脏相克制方式而传变，为治疗提供思路，后世根据五行相生方式推出“滋水涵木”“培土生金”“金水相生”，按相克方式提出“壮水制火”“扶土抑水”“伏金平木”“疏肝健脾”等治疗原则，大大丰富了五行指导下的治疗方法。
