胰腺癌干细胞差异基因的表达及生物信息学分析

　　近日，贵阳医学院附属医院肝胆外科研究人员发表论文，旨在筛选与胰腺癌干细胞相关的差异表达基因，并进行生物信息学分析。研究指出，筛选出的差异表达基因可能参与胰腺癌干细胞的发生发展，参与不同信号通路的调控，并有可能成为胰腺癌新的治疗靶点。该文发表在2013年第13期《世界华人消化杂志》上。

　　以MIA-PaCa2（TIChigh）与BxPc-3（TIClow）为研究胰腺癌干细胞的工具细胞制备总RNA，经质量鉴定后进行荧光标记；采用Agilent人全基因4*44K芯片进行杂交实验，获得mRNA表达谱；以Gene Spring Software 11.0软件和Quantile算法分析芯片实验数据，筛选与胰腺癌干细胞相关的差异mRNAs；基于Gene Ontology数据库进行GO注释，基于KEGG数据库进行Pathway注释。

　　获得符合基因芯片实验质量标准的RNA样品，基因芯片杂交及数据分析得到差异表达mRNAs 7059个（P<0.05，fold change≥2），其中MIA-PaCa2（TIChigh）中上调表达3440个，下调表达3619个.GO注释显示他们主要涉及多胺代谢过程、含碱基的小分子相互转换、组蛋白H4乙酰化、细胞分裂、细胞周期、凋亡、Toll样受体信号转导通路等.Pathway注释主要涉及癌症的途径、内吞作用、O-糖基化生物合成、嘧啶代谢、谷胱甘肽代谢等.信号通路调控网络图显示多条信号通路存在交叉对话。