基于差异性表达谱分析挖掘不同亚型鼻咽癌的保护性转录因子

　　近日，南方医科大学第一临床医学院研究人员发表论文，旨在探究41例鼻咽组织活检样本中差异基因表达谱所显示的失调基因及挖掘调控这些基因的转录因子。研究指出，通过分析Ⅰ、Ⅱ型NPC患者鼻咽组织活检样本的差异表达基因谱发现，Ⅰ型NPC（NPC_Ⅰ）患者的差异表达基因主要与机体免疫反应相关，利用EXCEL及生物信息学方法，挖掘出8个正调节因子和2个负调节因子，主要调控与T细胞受体信号通路相关的基因。预测到的这10个转录因子有可能成为药物研发的新靶点，通过增强机体免疫防御能力，有望提高NPC患者的生存率。但研究中未能发现与”Ⅰ_Ⅱ_Down“基因谱明显相关的转录因子，这可能与NPC_Ⅱ患者差异表达基因受转录因子、DNA修饰、磷酸化、染色体变异、环境等多因素影响有关。该文发表在2013年第11期《南方医科大学学报》杂志上。

　　利用EXCEL及生物信息学方法分析Ⅰ、Ⅱ型鼻咽癌（NPC）患者鼻咽组织活检样本中差异表达基因谱，挖掘出同时符合以下条件的转录因子：（1）在两组差异表达基因的结合位点具有统计学意义；（2）鼻咽组织中转录因子与基因的表达存在相关性；（3）相关基因的表达至少有40%是受转录因子影响的。

　　在Ⅰ型NPC较Ⅱ型NPC上调的差异表达基因谱（”Ⅰ_Ⅱ_Up“）中，找到对应的符合条件的转录因子有80个。其中RUNX3、GATA3、NR3C1、NRF1、RXRA、SMAD7、TBP、ZBTB6等8个正调节因子和HLF、MTF1等2个负调节因子，它们调控与T细胞受体信号通路相关的基因。然而在Ⅰ型NPC较Ⅱ型NPC下调的差异表达基因谱（”Ⅰ_Ⅱ_Down“）中，未找到符合条件的转录因子。